La qualité des paroles est un des principaux atouts du groupe. Parfois très belles, toujours intelligentes, elles se complexifient à mesure que le groupe évolue, pour devenir extrêment recherchées sur Lateralus, notamment. Le groupe aborde de nombreux thèmes, mais de façon souvent sybilline. Parmis ces thèmes, certains, comme la religion, sont récurrents.

Opiate

1 - Sweat 2 - Hush 3 - Part of me 4 - Cold and ugly 5 - Jerkoff 6 - Opiate 7 - The Gaping Lotus Experience

Undertow

1 - Intolerance 2 - Prison sex 3 - Sober 4 - Bottom 5 - Crawl away 6 - Swamp song 7 - Undertow 8 - 4° 9 - Flood 10 - Disgustipated

Aenima

1 - Stinkfist 2 - Eulogy 3 - H. 4 - Useful Idiot 5 - Forty six & two 6 - Message to Harry Manback 7 - Hooker with a penis 8 - Intermission 9 - Jimmy 10 - Die Eier von Satan 11 - Pushit 12 - Cesaro Summability 13 - Aenema 14 - Ions 15 - Third Eye

Lateralus

1 - The Grudge 2 - Eon Blue Apocalypse 3 - The Patient 4 - Mantra 5 - Schism 6 - Parabol 7 - Parabola 8 - Ticks & Leeches 9 - Lateralus 10 - Disposition 11 - Reflection 12 - Triad 13 - Faaip De Oiad